Tháng 3 năm 1699, Sa hoàng Pyotr I nhận một tin gây đau đớn cho cá nhân mình: Francis Lefort qua đời. Cả hai lần khi Pyotr làm việc ở Voronezh, Lefort ở lại Moskva. Vào tuổi 43, xem ra ông vẫn còn sức khỏe và tinh thần nồng nhiệt, vẫn lộ vẻ vui tươi và phấn khởi khi tiễn Pyotr đi Voronezh giám sát công cuộc đóng tàu. Ông ngã bệnh sau một bữa tiệc rồi đi ra ngoài uống rượu trong gió đông mà không mặc đủ áo ấm. Ông nằm trên giường bệnh trong một tuần, với một ban nhạc giúp an ủi. Trong những ngày cuối, vợ ông xin ông tha thứ nếu bà có lỗi gì với ông, và nghe câu trả lời:

Khi Pyotr I nhận được hung tin, Sa hoàng buông rơi cái búa trên tay, ngồi trên một súc gỗ và, giấu mặt trong hai bàn tay, Sa hoàng khóc. Trong giọng khàn khàn pha lẫn tiếng nấc, Pyotr nói: "Bây giờ tôi cô đơn một mình, không có người đáng tin cậy. Chỉ có ông ấy là trung thực với tôi. Bây giờ, tôi biết tâm sự cùng ai?"

Sa hoàng Pyotr I lập tức trở về Moskva, và tang lễ được cử hành ngày 21 tháng 3. Pyotr đích thân lo sắp xếp: tang lễ cấp nhà nước của vị đại tướng và đô đốc người Thụy Sĩ sẽ trang trọng hơn bất cứ tang lễ nào ở nước Nga trừ nghi thức dành cho Sa hoàng và Hoàng hậu. Các đại sứ nước ngoài được mời, và các boyar được lệnh phải tham dự.

Lúc chuẩn bị di chuyển quan tài ra khỏi nhà của Lefort, vẻ đau đớn và thương cảm của Sa hoàng vài người khác hiển hiện rõ đối với mọi người. Pyotr I rơi nước mắt, và đặt một nụ hôn cuối cùng lên người đã chết. Sau khi hành lễ ở nhà thờ, quan tài Lefort được mang đến nghĩa trang. Trên đường đi, các boyar và những người Nga khác chen lấn lên phía trước, đi kế sau quan tài trong khi các đại sứ nước ngoài vì lịch sự nhường chỗ cho họ. Khi gần đến, Sa hoàng nhận thấy thứ tự của đoàn đưa tiễn bị xáo trộn, gọi người cháu của Lefort đến hỏi nguyên nhân. Khi người cháu trả lời rằng chính người Nga đã không tôn trọng nghi lễ, ông nổi giận nói: "Họ là đồ chó, không phải là boyar của ta."

Cái chết của người bạn phương Tây để lại một khoảng trống lớn trong đời sống cá nhân của Pyotr I. Con người vui tươi gốc Thụy Sĩ đã lèo lái người bạn trẻ và chủ nhân của ông qua những năm đầu tiên, tập cho chàng thanh niên uống rượu, khiêu vũ, bắn cung; tìm cho anh một người tình và tạo ra mọi trò đùa nghịch cho anh vui thú. Ông đã đi theo Sa hoàng trong những cuộc chinh chiến đầu tiên ở Azov. Ông đã thuyết phục Pyotr đi Tây Âu rồi đứng ra cầm đầu Đại Phái bộ Sứ thần, và chuyến đi dài ngày đã thúc đẩy những nỗ lực của Sa hoàng trong việc mang về cho nước Nga công nghệ và cung cách của Tây Âu. Và rồi, hầu như ngay trước ngày Pyotr đối diện với một thách thức lớn nhất – cuộc chiến 20 năm với Thụy Điển – Lefort qua đời. Pyotr thấm thía sự mất mát lớn như thế nào. Cả đời ông, chung quanh ông toàn là người lợi dụng chức vụ và quyền hạn để trục lợi cho riêng mình. Lefort thì khác. Dù cho việc kề cận với Sa hoàng đã tạo cơ hội cho ông làm giàu bằng cách nhũng lạm nếu muốn, Lefort qua đời trong cảnh nghèo túng.